Medzi scény, ktoré sa nedostali do kinoverzie filmu, patrí celkovo asi 15 minút materiálu. Mimo iné sú medzi nimi aj viac príbehu k pozadiu vzťahu medzi Sarekom a Amandou, či Kirkove stretnutia s dievčaťom z Orionu, pri pokuse hacknúť simuláciu Kobijaši Maru. Tou najočakávanejšou je ale asi napadnutie Nerovej posádky Klingónmi.

Vyplňujúc dejovú dieru medzi útokom na USS Kelvin a príchodom starého Spocka sa dve scény zaoberajú zajatie lode klingonskou flotilou a neskorší únik z väzenskej kolónie Rura Penthe - tá ale vyzerá skôr ako továreň na betón a panely ako ľadová planéta, ktorú poznáme zo Star Treku VI.

Klingóni sami nie sú celkovo viditeľní. Skôr pripomínajú Predátorov s chrómovými helmami a tažkými kabátmi. Helmy ponechávajú priestor iba pre ich oči a ústa. Abrams v komentároch k scénam spomína, že sa jedná o dizajn, ku ktorému sa možno v nasledujúcich častiach chcú vrátiť, zároveň je zmena výzoru Klingónov takto ešte pod rúškom tajomstva.