John si v úvodnej časti trinásteho pokračovania krátko pospomína, na udalosť zapísanú v utajených záznamoch ako "Konflikt Thanatos". Spolu s Aidenom sa pokúsia zachrániť životy seba aj ostatných členov svojej posádky a vyhnúť sa tak úplnému zničeniu záhadnými cudzincami. Ich situácia je však zúfala. Budú mať vôbec proti obrovskej presile aspoň nejakú šancu?