Mulder od Muža z Pentagónu dostane značne nejasný tip o utečencovi, ktorého istý čas prenasledovala polícia. Počas prenasledovania jeden policajt utečenca postrelil a utečenec potom skočil do neďalekých prístavných vôd. Napriek hodinám prehľadávania pod vodou sa jeho telo stále nájsť nepodarilo. Po istom vyšetrovaní Mulder zisťuje, že niekto zámerne zamenil auto, ktoré utečenec šoféroval, za iné.

Agenti pravé auto vystopujú až k Dr. Berubemu, ktorý sa však s nimi odmietne baviť. Zdá sa, že sa ocitli na mŕtvom bode a Scullyová je pripravená sa prípadu vzdať. Mulderovi pripomenie, ako málo toho o Mužovi z Pentagónu vedia, a že mu v skutočnosti nemajú prečo veriť. Mulder sa s Mužom z Pentagónu neskôr stretne a povie mu, že už viac nie je ochotný hrať podľa jeho pravidiel. Muž z Pentagónu ho upozorní, že ešte nikdy nebol tak blízko.

Večer do laboratória za Dr. Berubem prichádza neznámy nakrátko ostrihaný muž. "On žije, však? Už sa s vami spojil?" pýta sa Berubeho, ten však tvrdí, že nevie, o čom to neznámy muž hovorí. Na druhý deň je nájdené Berubeho mŕtve telo. Dôkazy poukazujú na samovraždu, ale Mulder je na základe okolností presvedčený, že Berube sa stal obeťou profesionálnej vraždy. Agenti zisťujú, že Berube sa venoval genetickým výskumom a Mulder v jeho laboratóriu nájde sklenenú nádobku s označením "Kontrola čistoty". Scullyová súhlasí, že nechá analyzovať jej obsah.

Polícii sa stále z vody nepodarilo vyloviť telo muža, ktorého prenasledovali. Keď sa záchranná akcia skončí, utečenec sa vynorí spod hladiny a uniká do mesta, kde sa pokúsi nadviazať kontakt s Dr. Berubem, avšak počas úteku skolabuje. Na pomoc mu prichádzajú záchranári a zisťujú, že mužovi z hrude vyteká neznáma zelená tekutina. Toxické výpary z nej paralyzujú záchranárov a muž opäť utečie.

S pomocou Dr. Carpenterovej z Georgetownskej univerzity Scullyová pod mikroskopom analyzuje vzorku látky nájdenej v laboratóriu Dr. Berubeho. Ten experimentoval s baktériami, ktoré z sebe obsahovali vírus. Berube to pravdepodobne robil preto, aby tento genetický materiál injektoval do živého tkaniva. Mulder zatiaľ objaví tajnú miestnosť, v ktorej sa nachádzajú ľudské telá plávajúce v nádržiach s neznámou tekutinou. Mulder v úžase vidí, že muži žijú a dýchajú pod vodou. Jedno šokujúce odhalenie strieda ďalšie, keď Dr. Carpenterová na základe testov Scullyovej oznámi, že baktérie zo vzorky obsahujú piaty a šiesty nukleotid DNA, ktoré nikde v prírode neexistujú. "Podľa definície to bude niečo mimozemské," vraví Carpenterová zaskočenej Scullyovej.

Mulder na druhý deň skoro ráno k budove s tajnou miestnosťou prichádza so Scullyovou. Tá sa mu ospravedlňuje za to, že sa mýlila, keď ho odhovárala od vyšetrovania tohto prípadu. "Mala by som začať veriť tvojim inštinktom," vraví. "Prečo? Nikto im neverí," odvetí Mulder. Scullyová mu povie, že po tom, čo videla v noci, po prvýkrát v živote nevie, čomu má veriť. Keď vstúpia do miestnosti, telá sú už preč. Prichádza Muž z Pentagónu a obom im povie, že Dr. Berube robil experimenty s mimozemskými vírusmi a snažil sa vytvoriť hybrida človeka a mimozemšťana. Vzorku majú už od roku 1947, ale až donedávna nemali potrebnú technológiu. Berubeho zabili preto, lebo jeho práca sa až príliš darila. Na pokusy využíval ľudí, ktorí trpeli nevyliečiteľnými chorobami. Experimenty mu pritom financovala vláda, ktorá však mala záujem len o výsledky experimentov a nešlo jej o zdravie ľudí, ktorí sa na experimentoch zúčastnili. Jedným z pacientov bol Berubeho dávny priateľ Dr. Secare. Keď vyšlo najavo, že Secaremu pôjde o život, Berube mu dal svoje auto, aby Secare stihol utiecť. Keď po Secarem začala pátrať polícia, pomocou svojej schopnosti dýchať pod vodou sa pred nimi schoval pod hladinou mora v prístave.

Šokovaná Scullyová sa dozvedá, že Dr. Carpenterová spolu s rodinou prišli o život pri automobilovej nehode. Mulder zatiaľ nájde Dr. Secareho skrývajúceho sa na povale Berubeho domu. Prekvapí ich tam však vrah, ktorý zabil Berubeho a teraz zastrelí Secareho. Toxické výpary z rany omráčia Muldera.

Scullyová sa stretáva s Mužom z Pentagónu, ktorý jej povie o Mulderovi. K tomu, aby ho zachránili, bude Scullyová potrebovať dôkaz, ktorý by mohol odhaliť Mulderových únoscov. Muž z Pentagónu jej preto zaistí prístup do prísne zabezpečenej inštitúcie vo Fort Marlene v Marylande. Na kryológii udá heslo projektu "Kontrola čistoty" a pustia ju dovnútra. V nádobe s tekutým dusíkom nachádza zmrazený plod mimozemskej biologickej entity. S pomocou Muža z Pentagónu chce neskôr plod vymeniť za Muldera. Vzápätí po výmene Muža z Pentagónu zastrelí vrah, ktorý zabil Berubeho a Secareho. Vrah utečie, ešte predtým však na ulicu z jeho dodávky vyložia Mulderovo telo. Scullyová sa im obom ponáhľa na pomoc. Muž z Pentagónu umiera a jeho posledné slová sú varovaním, na ktoré Scullyová nikdy nezabudne: "Nikomu neverte".

O 13 dní neskôr Mulder Scullyovej zatelefonuje, že prišli o svoju prácu, lebo im uzatvorili Akty X. V poslednej scéne, ktorá pripomína záverečnú scénu úvodnej epizódy, Muž s cigaretou do tajného archívu v Pentagóne uloží mimozemský plod do krabice, ktorá obsahuje nádoby s ďalšími plodmi.