Po dvoch a pol rokoch, ako sa skončil pôvodný seriál, sa Naruo vracia do svojej dediny, aby premenil svoje ambície na realitu. Nebude to ľahké, pretože je cieľom aj tajnej a zákernej šinobi organizácie Akacuki, ktorá baží po moci Deväťchvostého v ňom.