Budúcnosť zmenila New York na technologicky vyspelé bojisko, ktoré ovláda klan Noha a jeho kybernetickí vojaci. Práve sem prichádza Michelangelo - posledný z ninja korytnačiek, aby sa pomstil. Z jeho najbližších ostali len spomienky, a tak mu nezostáva nič iné, ako nájsť starých priateľov, nových sp...