Star Trek: Expeditions je kooperatívna hra, v ktorej hráte typickú situáciu startrekovskej misie: Planéta by rada vstúpila do Federácie a Enterprise je teda vyslaná na prihliadnutie procesu. Pri príchode k planéte ale zisťuje, že v orbite sa nachádza klingonská bojová loď, a tak sa stávate majstrom neľahkej situácie: zastaviť Klingonov, upokojiť občianske nepokoje na planéte a zachrániť jej biosféru.