Hra sa odohráva 4000 rokov pred vzostupom Galaktického impéria. Darth Malak, temný lord Sithov a pôvodný učeň Dartha Revana, vyslal proti Republike armádu Sithov. Malakova agresia nechala Jediov roztrúsených a napadnuteľných. Mnohí umreli v boji a mnohí ďalší sa pridali na Malakovu stranu.