Píše sa rok 2415. Je štyristo rokov od momentu, kedy vírus zahubil skoro celé ľudstvo. Ostatok ľudského pokolenia, necelých 5 miliónov obyvateľov, žije od tých čias v utopickom meste Bregna. Aeon Flux je nájomná vrahyňa, ktorá sa pokúša zničiť totalitný režim spolu s jeho vládcom, Trevorom Goodchild...