V roku 2271 neznáma entita, ktorá vyzerá ako obrovský energetický mrak stretne niekoľko klingónských lodí. Toto stretnutie neskončí pre klingónov veľmi dobre, pretože sú porazený a zničený. Federačná stanica Epsilon IX pozoruje tento súboj, ale aj napriek tomu sa im nepodarí vymyslieť žiadnu ochranu a takisto je zničená týmto obrovským energetickým mrakom.

Medzitým sa na Vulkáne pripravuje Spock na rituál Kolinahr, pri ktorom vulkánec dosiahne najvyšší stupeň logiky a zavrhne aj posledné zbytky emócií. No jeho ľudská polovica pocíti prítomnosť tajomnej energetickej bytosti a preto Spock preruší meditácie. To má však za následok to, že vulkánsky majstri mu nedovolia vstup do ich radov (pretože práve oni dosiahli ten najvyšší stupeň "logiky").

Medzitým sa na Zemi pripravuje loď USS Entreprise preskúmať túto energetickú entitu. Admirál James T. Kirk presvedčí admirála Noguru aby mu predal velenie nad vynovenou Enterprise, aj napriek tomu, že táto už má prideleného nového kapitána Willa Deckera. Ten je samozrejme zo situáciou viac ako nespokojný (pozrite sa na to jeho očami. Niekoľko rokov čakáte na velenie a keď ho konečne dostanete, tak príde nejaký admirál a jednoducho vám ho zoberie). Keď Kirk príde na loď a preberie velenie, tak si vyžiada za hlavného lekára doktora Leonarda McCoya, ktorý je už na dôchodku a neslúži vo Hviezdnej flotile. McCoy na loď príde a miesto mu s radosťou uvoľní dobrá známa Dr. Christine Chapelová (na starej Entreprise slúžila "pod" McCotom ako hlavná sestra). Na lodi takisto slúži deltanská navigátorka Ilia, ktorá mala v minulosti pomer (techtle-mechtle :) ) s kapitánom Deckerom.

Keďže na vynovenej Enterprise ešte všetko nefunguje ako má, tak ešte na základni dojde ku tragickej transportnej nehode, pri ktorej zahynú dvaja členovia posádky. Jedným z nich je aj nový vulkánsky vedecký dôstojník Sonak.

Keď sa všetko dá ako tak do poriadku zvolá Kirk poradu aby predostrel vedúcim dôstojníkom plán misie a poukázal na neuveriteľnú ničivú silu energetickej entity. Po celkom pokojnom odchode zo stanice však Enterprise nečakane narazí na obrovskú červiu dieru. Kirk je však ešte dosť neoboznámení s novým dizajnom lode a skoro dovolí aby červia diera zničila celú loď. Entreprise sa podarí uniknúť skaze a hneď nato je kontaktovaná transportnou loďou, ktorá má na palube nového vedeckého dôstojníka. Kirk sa poteší, že po dlhom čase zasa stretne Spocka, no je konfrontovaný s chladným a odmeraným vulkáncom (Spockom).

Lodi sa podarí priblížiť ku tejto neznámej entite, ale tá sa ukáže veľmi silná. Entreprise je vážne poškodená na všetkých palubách. Spock sa pokúsi s entitou komunikovať a vyšle mierovú správu. Nato entita zareaguje a okamžite vyšle smerom ku lodi prieskumnú sondu. Posádka sa môže len bezradne prizerať ako sonda skenuje ich počítače a konzoly a vyberá z nich všetky informácie a dáta. Keď sa ju Spock pokúsi zastaviť, tak je sondou zranení a sonda nechá zmiznúť aj navigátorku Iliu.

Loď USS Enterprise je potom zachytená vlečným lúčom a vtiahnutá dovnútra tohto oblaku, do obrovskej komory. Ďalšia sonda, tentoraz vo forme zmiznutej Ilie, sa objaví na mostíku. Posádke povie, že bola poslaná "V´Gerom" aby preskúmala tieto "uhlíkové" bytosti, ktoré "zamorili" loď (teda naša posádka). Posádka sa taktiež dozvie, že V´Ger to má nasmerované na Zem, kde sa má stretnúť a spojiť s Tvorcom.

Kirk sa pokúsi nadviazať kontakt s V´Gerom a preto poverí Deckera (keďže sa s Illiou pozná "veľmi dobre") aby spolupracoval so sondou-Illiou práve on. Tá mu povie, že "uhlíkové jednotky" budú použité pre záznam dát (jednoducho, že budú slúžiť len ako "diskety", čo určite nie je životný sen žiadneho člena posádky).

Spock usúdi, že najlepšou metódou ako získať viac údajov je napojiť sa na hlavný zdroj informácii (teda rovno na V´Gera). Preto si zoberie skafander poháňaný tryskovými motormi a opustí loď. Jeho úžasná vizuálna cesta do centra mraku kulminuje, keď Spock uvidí obrázky všetkého čo V´Ger zažil. Spock sa pokúsi s bytosťou urobiť známe vulkánske "splynutie myslí", ale V´Ger tento pokus razantne preruší a Spockovi sa len tak tak podarí dostať spať na USS Enterprise. Je okamžite prevezený do ošetrovne, no podarí sa mu ešte povedať Kirkovi, že V´Ger sa cíti veľmi osamotený a hľadá odpoveď na otázku prečo bol vlastne stvorený.

V´Ger medzitým dorazí na Zem a vyšle signál svojmu Tvorcovi. Keď sa nedočká odpovede, tak pustí na planétu zopár energetických lúčov, aby zbavil Tvorcovu planétu tohto uhlíkového zamorenie (teda ľudí). Keďže Kirkovi už nezostáva veľa možností, tak kontaktuje V´Gera a oznámi mu, že vie prečo mu Tvorca neodpovedá. Iliu-sondu táto výzva zaujme a odpovie, že keď jej to Kirk vysvetlí, tak prestane s paľbou na Zem. No Kirk jej povie, že nebude vyjednávať s nikým iným ako s V´Gerom samotným. Ilia súhlasí a Kirk, Spock, McCoy a Decker sú zavedení mimo lode rovno ku "srdcu" V´Gera. V strede obrovskej komory však prekvapený dôstojníci nájdu pozemskú prieskumnú sondu z 20. storočia Voyager VI.

Kirk a jeho posádka sa dozvedia, že sonda sa niekedy dávno stratila v čiernej diere. Keď na jej druhej strane poškodená vyšla, tak spadla na planétu obývanú "živými strojmi" (žeby náznak Borgov?). Keď ju tieto stroje opravili narazili na jej originálne programovanie, ktoré znelo "pozoruj a zaznamenané údaje pošli do NASA". Živé stroje si to vysvetlili po svojom a tak (už ich zmenené) nové programovanie znelo "uč sa všetkému, čo je možné sa naučiť a potom vráť túto informáciu Tvorcovi".

Keď USS Enterprise pošle V´Geru staré identifikačné kódy Voyagera, tak V´Ger pošle všetky svoje nazbierané informácie. No potom nečakane začne trvať na tom aby sa Tvorca objavil osobne a aby dokončil sekvenciu. Keď si uvedomia, že V´ger sa chce absolútne (teda fyzicky) spojiť so Tvorcom, tak sa Will Decker dobrovoľne ponúkne. Decker a Ilia spolu splynú a vytvoria akúsi žiariacu netelesnú bytosť, ktorá hneď nato zmizne.

Posádka USS Enterprise si uvedomí, že práve bili svedkami vzniku novej formy života. Táto skúsenosť na Spocka veľmi zapôsobí a rozhodne sa, že sa už na Vulkán nevráti. Kirk dostane späť velenie na Enterprise a McCoy sa stane zasa hlavným lekárom na lodi. A takto začína filmová cesta vesmírnej lode USS Enterprise.